Учреждена группой «Интеррос» в конце 1994 года в Санкт-Петербурге под наименованием «Балтонэксим Банк». При губернаторе Владимире Яковлеве ключевым направлением деятельности банка было обслуживание счетов городской казны, местных бюджетов и бюджетных предприятий. В 2001 году акции банка выкупили несколько петербургских компаний, он стал активно развивать рыночное и розничное направления. В 2003 году организация была переименована в «Балтинвестбанк» (ОАО «Балтийский Инвестиционный Банк»). В сентябре 2004 года , к Балтинвестбанк был присоединён самарский Промавтобанк.
В ноябре 2015 года было принято решение о начале финансового оздоровления кредитной организации. Позднее стало известно, что инвестором для участия в мероприятиях по предупреждению банкротства Балтинвестбанк был выбран АБСОЛЮТ БАНК, который в 2014 году досрочно завершил финансовое оздоровление банка «КИТ Финанс». В апреле 2016 года БАЛТИНВЕСТБАНК полностью перешел под контроль Абсолют Банк.