Банк создан в 1993 году на базе сети валютно-обменных пунктов. При участии олигархов, известных финансистов и крупных промышленников, подтянувших свои «империи» на обслуживание в банк, МДМ к 2001 году занял уверенные позиции в первой двадцатке российских банков. В результате раздела сфер влияния и реструктуризации в 2006 году контроль над банком получил бывший промышленник Сергей Попов из Северной энергетической управляющей компании и промышленной группы «МДМ».
В начале 2008 года стартовали переговоры о присоединении МДМ Банка к УРСА Банку, подконтрольному известному банкиру Игорю Киму. Схема по присоединению получилась весьма сложной: формально новый объединенный МДМ-банк начал функционировать на базе УРСА Банк — с лицензией № 323, однако получил при этом от столичного банка название и его бизнес. Реальный МДМ почил вместе с аннулированной лицензией № 2361.
В конце июня 2015 года группа «БИН» сообщила о подписании соглашения по приобретению пакета акций Сергея Попова (58,33%) в МДМ. Уже 14 июля Шишханов возглавил правление МДМ Банка и сообщил, что группа «БИН» рассматривает также возможность выкупа долей остальных акционеров МДМ Банка с доведением своей доли в капитале последнего до 100%. Первоначально сумма сделки оценивалась в 17 млрд рублей, что примерно соответствовало коэффициенту в один капитал. Однако затем СМИ сообщили, что Сергей Попов мог выручить в полтора раза меньше денежных средств от продажи своей доли в капитале банка.
В конце августа и начале сентября 2016 года ФАС одобрила два варианта объединения МДМ Банка и Бинбанка. В первом случае Бинбанк присоединяется к МДМ Банку, во втором случае — МДМ Банк к Бинбанк. В обоих случаях к банкам планируется также присоединить две другие дочки Бинбанка: «Бинбанк Столица» (бывший Европлан Банк) и «Бинбанк Мурманск».
По состоянию на 1 июля 2016 года региональная сеть МДМ Банка насчитывала 153 подразделения по России: 13 филиалов (помимо головного офиса), 76 дополнительных и 58 операционных офисов, 6 операционных касс вне кассового узла. Региональная сеть расположена на территории 40 субъектов РФ в 90 городах. В июне 2016 года было закрыто представительство банка в Пекине (Китай). Банк располагал широкой сетью собственных и партнёрских банкоматов. В совокупности МДМ Банк обслуживал 3,5 миллиона физических лиц, а также 70 тысяч корпоративных клиентов малого и среднего бизнеса.
18.11.2016 ПАО «Бинбанк» присоединен к ПАО «МДМ Банк». Объединенная кредитная организация сохранила лицензию МДМ Банк (рег. № 323), продолжив работу под брендом «Бинбанк».
РИА «Банки и Финансы» — лауреат Национальной банковской премии и премии РСПП, единственное в стране собирает Национальную коллекцию платёжных карт России. Цель коллекции – запечатлеть историю кредитной организации в банковской системе страны через уникальность пластика. В настоящее время в национальной коллекции 10000 платёжных карт 500 российских банков.