Банк был зарегистрирован в середине 1992 года, под названием «Бийск» и изначально базировался в Бийске Алтайского края. В 1993 году наименование изменилось на «Муниципальный коммерческий банк «Бийск». С 2002 года банк осуществлял свою деятельность как ОАО «КБ «Региональный кредит». В 2009 году головной офис банка был переведен из Бийска в Кострому.
Первая карта платёжной системы Mastercard была эмитирована банком в феврале 2014 года. По состояние на июль 2025 года эмиссия карт составляет 111 тысяч штук.
Модульбанк с 2014 года разрабатывает финансовые продукты и нишевые сервисы, чтобы помогать предпринимателям растить бизнес. Банк предоставляет: РКО, технологичную онлайн-бухгалтерию с подключением к АУСН, налогового консультанта, бизнес-ассистента, удобную онлайн-кассу, сервис платежей QR Pay, вывод средств на счета физлиц всего за 0,75%, гарантию защиты от блокировок по 115-ФЗ. Модульбанк работает с 1000+ проверенных производителей, возьмет на себя поиск и закупку партии товаров и доставит его в любой город России в срок от 3 дней. В 2020 году стартовал пакет услуг для таксопарков, в 2021 – набор сервисов для продавцов на маркетплейсах. В 2022 году появилось направление для молодых производственных компаний и сервисы для кофеен CafeStore. Недавно Модульбанк запустил сервис комплексной юридической поддержки МСБ Модульюрист. В 2023 году Модульбанк запустил премиальное бухгалтерское обслуживание МСБ и интеграцию 1С: Бухгалтерия АУСН. На Маркет Метрика заработал сервис аналитики, позволяющий предпринимателям следить за продажами на маркетплейсах. Для компаний доступна услуга ведения воинского учёта.