Учрежден в январе 1994 года. В 1996 году приобрел статус уполномоченного банка администрации Барнаула. В том же году начал обслуживать предприятия Западно-Сибирской железной дороги. «Алтайкапитал» — небольшой региональный банк, ориентированный преимущественно на комплексное обслуживание и кредитование предприятий Алтайского края и республики Алтай, привлечение средств граждан во вклады. Основные источники фондирования — средства физических лиц и корпоративных клиентов. В 1996 году началась эмиссия банковских карт на базе «Union Card», в 1997 банк уже становится участником международных платежных систем «Visa», «Master Card/Eurocard». 2007 год отмечен заключением соглашения об эмиссии с «Mastercard WorldWide» и в 2011 году банк эмитирует карты класса Gold с повышенной степенью защиты: теперь кроме магнитной полосы и pin-кода карта защищена дополнительным встроенным электронным микрочипом. В 2014 году банк совместно с Системой «Город» внедряет платежный сервис по оплате ЖКХ с использованием банковских карт Visa и MasterCard.
С 2017 года банк — участник национальной коллекции платёжных карт России.