Крайинвестбанк был зарегистрирован в начале 2001 года. Банк создавался при участии Краснодарского края, который на протяжении десяти лет и оставался его ключевым собственником. 11 марта 2011 года 2,95% акций Крайинвестбанка приобрел австрийский Raiffeisenlandesbank Oberosterreich. В 2012 году была принята стратегия развития, предполагающая значительное увеличение объемов розничного кредитования, а также выпуска банковских карт, в том числе кредитных. На февраль 2015 года департаменту имущественных отношений Краснодарского края принадлежало 98,04% акций Крайинвестбанка. 
В декабре 2015 года была завершена внеплановая специализированная проверка кредитной организации и стало известно, что Банк России утвердил меры по предупреждению банкротства Крайинвестбанка. Финансовым оздоровлением банка занялся РНКБ.
В 2017 году банк принял участие в национальной коллекции платёжных карт и с тех пор не обновлялся. Национальная коллекция платёжных карт России бережно сохраняет историю и насчитывает 10000 платёжных карт 500 российских банков. Цель коллекции – запечатлеть историю кредитной организации в банковской системе страны через уникальность пластика.