Банк был учрежден в ноябре 1990 года на базе Красноярского отделения Промстройбанка СССР. До кризиса 1998 года он мог похвастаться неплохой сетью подразделений — более 30 филиалов в Сибири и Красноярском крае — и внушительной клиентской базой — более 15 тысяч юридических и порядка 190 тысяч физических лиц.
В 2001 году начал выпускать пластиковые карты «Золотая Корона», в 2006 присоединился к международной системе MasterCard.
В 2005 году бизнесом АКБ «Енисей» заинтересовался «Конверсбанк», выкупивший более 55% акций кредитной организации в рамках создания одноименной банковской группы. В 2006 году состав группы значительно расширился — были приобретены розничные банки: на тот момент еще калининградский Инвестбанк, Гранкомбанк и Интерпрогессбанк (в 2007 году был продан частным лицам). В состав группы также входили иностранные банки — Bankas Snoras, Latvijas Krajbanka, Conversbank Limited. В 2008 году ЗАО «Конверсбанк», ОАО «Воронежпромбанк» и Гранкомбанк были присоединены к АКБ «Инвестбанк».
На внеочередном собрании акционеров банка «Енисей», состоявшемся 17 декабря 2014 года, было принято решение о реорганизации путем присоединения к нему «АКБ «Балтика» и «КБ «Н-Банк».
В середине сентября 2015 года банк «Балтика» сообщил об отмене решения о реорганизации. В октябре 2015 года было принято решение о реорганизации «АКБ «Енисей» путем присоединения к нему только «КБ «Н-Банк», завершившейся в декабре 2015 года.
Головной офис банка «ЕНИСЕЙ» был расположен в Красноярске. Сеть подразделений также включала один филиал в Москве, пять допофисов в Красноярске, четыре ККО и 11 оперофисов. Сеть собственных банкоматов насчитывала 29 устройств.
Лицензия отозвана 9 февраля 2017 года.
РИА «Банки и Финансы» единственное в России собирает Национальную коллекцию платёжных карт. Цель – запечатлеть историю кредитной организации в банковской системе страны через уникальность пластика. В настоящее время в национальной коллекции 9000 платёжных карт 450 российских банков.