Банк основан в Санкт-Петербурге и зарегистрирован ГОСБАНКОМ СССР в 1989 году, под наименованием «ЛЕНЖЕЛДОРБАНК». Первыми пайщиками банка выступили Октябрьская железная дорога и другие предприятия железнодорожного транспорта Ленинграда. В ноябре 1989 года банк получил действующее наименование — «Балтийский». В 2006 году центральный офис банка переехал в Москву. В августе 2014 года ЦБ объявил о санации Балтийского Банка с участием Альфа-Банк. Процедуру санации инициировало Агентство по страхованию вкладов по результатам инспекции финансового учреждения в 2014 году. Санации банка предшествовал конфликт между его основными владельцами.
В марте 2015 года было принято решение о возврате головного офиса из Москвы в Северную столицу. После присоединения к Альфа-Банк бизнес кредитной организации будет сосредоточен в Петербурге и на Северо-Западе, а филиалы в других регионах будут ликвидированы или сократят свое присутствие. Кредитная организация предлагает стандартный набор банковских продуктов и банковские карты Visa и MasterCard. В обращении находилось 600 тысяч карт.