Учрежден в Москве, в августе 1994 года, но реальную банковскую деятельность начал лишь в 1996 году. В 1999 году приступил к программе выхода на региональные рынки, открыв филиал в Воронеже. Еще год спустя на обслуживание в фининститут пришли предприятия угольного комплекса и цветной металлургии. В апреле 2021 года «Яндекс» заключил соглашение о покупке банка. Сделка была завершена в июле 2021 года, ее сумма составила 1,1 млрд рублей, из них 75 млн – премия к капиталу за покупку. В августе 2021 года структуры «Яндекс» появились в составе официальной схемы собственности, а в сентябре 2021 банк переименован в АО «Яндекс Банк».
Национальная коллекция платёжных карт России – уникальное собрание реальных артефактов и исторических очерков о банковской системе страны. Национальная коллекция — лауреат Международной премии журнала «Банковское Дело», Национальной банковской премии, премии РСПП и премии Retail Finance Awards. Цель коллекции – запечатлеть историю кредитной организации в банковской системе страны через уникальность пластика. В настоящее время в национальной коллекции 13000 платёжных карт 850 российских банков.